Marlborough College основан в 1843 году. Предполагалось, что в школе будут обучаться не более 500 мальчиков, треть из которых были сыновьями духовенства англиканской церкви. Такого количества учеников школа достигла к 1848 году, однако условия обучения в школе были “спартанскими”, что вызвало поток негодования у членов церкви. Кульминацией этого конфликта послужило “Восстание” колледжа в ноябре 1851 года, после чего первый директор школы, Мэтью Уилкинсон, подал в отставку. Будущее школы оказалось под угрозой.
К счастью, последующие руководители Marlborough College (Джордж Коттон 1852-58 и Джордж Брэдли 1858-70), внесли большой вклад в развитие школы. Так, к 1870 году репутация перспективной христианской школы-пансиона была восстановлена. Последующие сто лет Marlborough College обучал большой поток способных молодых людей, которые в дальнейшем становились частью вооруженных сил Великобритании, пополняли ряды священнослужителей английской церкви, а также развивались во многих отраслях не только в родной стране, но и за рубежом.
Marlborough College никогда не боялся перемен. С каждым разом академическая составляющая школы развивалась и пополнялась новыми предметами (например, бизнес-исследования, математика SMP, комбинированные научные дисциплины, программы подготовки к экзаменам к поступлению в ВУЗ, преподавание арабского и китайского языков). Неудивительно, что к 1968 году школы стала одной из первых традиционных школ-пансионов для мальчиков, которая начала принимать девочек не только в начальные классы, но и в Sixth Form.
В 1989 году Marlborough College стал полностью совместным колледжем, после чего в школе открылось первое общежитие для девочек.
На сегодняшний день в Marlborough College обучаются около 936 учеников (из которых более 40% — девочки), 98% которых обучаются при пансионе.