Clifton College основал и возглавил в 1862 году бизнесмен Джон Персиваль, зарекомендовавший себя как великий педагог. Доктор Персиваль сумел сделать школу Клифтон одной из ведущих школ в Англии, а также способствовал открытию старшей школы для девочек в 1877 году и университета в 1876 году в Бристоле.
Главный упор в обучении делался на точные и естественные науки, в отличие от большинства частных школ того времени, где основополагающими считались классические науки (литература, философия, языки, история, археология). Также школа предоставила возможность обучения еврейским мальчикам на равных условиях со всеми остальными. В 1987 году Clifton College перешел на совместное обучение.