На открытие школы во многом повлияло ее местоположение. В 19 веке Малверн считался излюбленным местом для отдыха из-за его чистого воздуха и целебных свойств родниковой воды. Школа впервые открыла свои двери 25 января 1965 года под руководством преподобного Артура Фабера. Первоначально здесь обучалось всего 24 мальчика, 13 из которых проживали в двух резиденциях школы — Mr McDowall’s и Mr Drew’s. Однако уже в следующем году количество учеников достигло 64. В 1875 году в Malvern College открылись еще три кампуса, в которых жили и обучались более 200 мальчиков. К концу 19 века в школе было 10 резиденций, а число учащихся было около 400.
Malvern college был популярным местом среди знати. В 1868 году школу посетил известный американский поэт Генри Лонгфелло. Двумя годами позднее Принц и Принцесса Кристианы произносили речь в стенах колледжа. В 1891 году Герцог и Герцогиня Тек посетили школу со своей дочерью принцессой Майей, которая позже стала королевой Марией. Речь Лорда Рэндолфа Черчилля о высоком уровне обучения Malvern college была опубликована издательсвом «Таймс» в 1889 году. Школа была одной из двадцати четырех государственных школ, вошедших в Public Schools Yearbook, после чего была включена в Королевскую хартию в 1928 году.
Дальнейшее расширение школы продолжалось между окончанием Первой мировой войны в 1918 году и началом Второй мировой войны в 1939 году. В течение двух этих войн на фронте сражалось около 457 учеников школы, 258 из которых отдали свои жизни. Во время Второй мировой войны помещения колледжа были реквизированы Адмиралтейством в период с октября 1939 года по июль 1940 года, и школа временно переехала в дворец Бленхейм. В 1942 году кампуса школы снова были необходимы для правительственного использования, по этой причине с мая 1942 года по июль 1946 года колледж был размещен на территории школы Харроу. QinetiQ, частный сектор правительственного исследовательского центра все еще находится бывшей территории колледжа.
Изначально в колледже обучались только мальчики в возрасте от 13 до 18 лет. В 1992 году Malvern college объединился со школой для девочек Ellerslie и подготовительной школой Hillstone, став учебным заведением с совместным обучением учеников от 3 до 18 лет. В сентябре 2008 года после объединения со школой Даунса открылась отдельная подготовительная школа Malvern College в Колоулле, Херефордшир.