Школу создали в 1807 году группой торговцев и министров из неоконформисткой общины. Чтобы обеспечить место для обучения мальчиков из их общин. «Древние» государственные школы требовали, чтобы все их ученики принадлежали Английской Церкви. Первоначально школа Mill Hill была только для мальчиков. В 1975 году девочек принимали только в шестом классе, и только в 1997 году школа Милл Хилл стала полностью смешанной.
Школу Mill Hill основатели решили разместить за пределами Лондона. Учебное заведение было основано в усадьбе Ridgeway, которая ранее принадлежала Питеру Колинсу – известному британскому ботанику.
Те кто формировал исходную учебную программу для школы, стремились обеспечить более радикальный и современный подход к обучению, что было доступно в те времена. В рамках учебной программы 1820-х годах можно найти такие предметы как «экспериментальная философия», «химия и общая электротехника», которые в то время являлись образцами для обучения. Сегодня, школа Mill Hill продолжает стремиться к тому, чтобы обеспечить перспективный учебный план, который будет достаточно гибкий, чтобы адаптироваться к требованиям XXI века.