Изначально школа располагалась в Greenwich Hospital, и находилась в здании, которое сейчас является Национальным Гринвичским морским музеем в Лондоне. The Hospital был основан в 1694 году, а сама школа в 1712 году. Оба заведения принадлежали Королевской хартии. Несмотря на изначальную специализацию, а именно готовить прежде всего моряков для Великобритании, сегодня школа представляет настоящее международное образовательное учреждение.
Школа Royal Hospital переехала в Holbrook в 1933 году. Кампуса школы, в том числе и часовня, были спроектированы знаменитым в те времена архитектором Гербертом Тюдором Бакландом.
До сравнительно недавнего времени в школе учились только дети и внуки моряков. До 1950-х годов ученики школы ежегодно присоединялись к королевскому морскому флоту, поэтому программа обучения была сосредоточена в подготовке будущих морских офицеров. Школа и по сей день сохранила некоторые морские традиции, такие как военно-морская форма, парад и марш.
В 1991 году в Royal Hospital School впервые поступили девочки, тем самым школа официально перешла на совместное обучение. Первоначально у девушек была совершенно другая форма, которая отличалась мальчиковой, однако в следствие последующих изменений было решено сделать одинаковую военно-морскую форму для всех учеников. Первая женщина директор школы была назначена на должность в 1992 году.
В 1994 году школа посетила Королевский парад в Greenwich Hospital в честь 300-летия The Hospital. В 2012 году Royal Hospital School отметила свое собственное трехсотлетие, открыв в школе мемориальный центр.